Das ehemals naturbelassene Flüsschen Altmühl wurde zu einem Großteil in eine öde Wassertrasse verwandelt, der gesamte Grundwasserhaushalt in der Kanalregion durcheinander gebracht. Feuchtgebiete wie das Ottmaringer Moor trocknen aus, berichtet Schönauer, und anderswo haben die Leute nun immer wieder Wasser im Keller.
Der Kanal selbst nutzen auch Tierarten aus dem Schwarzmeergebiet, der vermutlich schädlichste Eindringling trägt den wissenschaftlichen Namen Dikerogammarus villosus – Großer Höckerflohkrebs (siehe Bild). Er wird zwar nur zwei Zentimeter lang, die Art ist jedoch so etwas wie der Tyrannosaurus rex unter den Kleinkrebsen. Mit ihren besonders kräftig entwickelten Mundwerkzeugen fressen sie praktisch alles, was ihnen vors Maul kommt. Zu den bevorzugten Opfern gehören frisch gehäutete Flohkrebse, die ohne Panzer völlig wehrlos sind. In vielen Flussabschnitten von Rhein und Neckar haben die aggressiven Immigranten einheimische Flohkrebs-Spezies wie Gammarus roeselii bereits komplett verdrängt.
Die ersten Exemplare von D. villosus tauchten 1995 im Main auf. Danach verbreiteten sich die Krebse unaufhaltsam im Einzugsgebiet des Rhein. Der Bodensee wurde 2002 okuppiert. Mittlerweile rückt die Art auch in Frankreich vor, ist in das Rhône-System und den Genfer See eingedrungen. Das genaue Ausmaß der vom Großen Höckerflohkrebs verursachten ökologischen Schäden ist bisher unklar. Sicher ist, dass es zu einer Verarmung der Artenvielfalt kommt.
Dikerogammarus villosus ist nicht alleine gekommen. Andere Krebstierchen und einige Fischarten beteiligen sich ebenfalls an der Invasion aus dem Osten. „Wenn das Problem erkannt wird, ist es auch schon zu spät“, urteilt der Biogeograf Kai Frobel von der Universität Bayreuth. Er sehe keine Chance mehr, die Einwanderer wieder aus den betroffenen Ökosystemen herauszubekommen. Umweltschützer hatten davor gewarnt, dass die Kanalverbindung zum Einfallstor für fremde Spezies werden könnte. „Dass es aber solche Dimensionen annimmt, war damals nicht abzusehen.“